L'introduzione dell'obbligo della fatturazione elettronica rischia, però, di danneggiare le associazioni non profit, le Onlus e le fondazioni che non svolgono attività commerciale e non hanno partita IVA, e pertanto non emettono fattura.
Tali enti emettono solo delle note spese all'ente pubblico (comuni, ASL, ordini professionali, scuole, e altro) per l'incasso delle somme che ricevono a seguito di convenzioni. il problema tecnico esiste perché il Sistema di interscambio non potendo identificare la partita IVA dell'ente non profit (in quanto inesistente) e non potendo accettare la documentazione, che non è assimilabile a fattura, non può ricevere il file inviato e non può trasmetterlo all'ente pubblico destinatario. Tale problema sta comportando difformità nella ricezione da parte delle Pubbliche Amministrazioni della documentazione inviata dagli enti non profit con conseguente difficoltà nell'erogazione dei pagamenti.
Il ministro Padoa ha chiarito qualche giorno fa, che l'introduzione dell'obbligo di fatturazione elettronica verso la P.A. costituisce solo una diversa modalità di emissione della fattura, ma non incide sui presupposti per l'emissione della stessa, di cui agli articoli 1 e 6 del menzionato DPR n. 633 del 1972. In altri termini, i soggetti che prima del 6 giugno 2014, non erano tenuti ad emettere fattura verso la P.A. perché non obbligati dalla normativa vigente, anche successivamente a tale data non sono obbligati ad emettere fattura elettronica.
Questi soggetti, pertanto, potranno continuare a certificare le somme percepite in base a convenzioni con la P.A., emettendo note di debito in forma cartacea, senza l'obbligo di ricorrere alla fatturazione elettronica. Ove lo si ritenga opportuno, il Ministro ha dichiarato che non mancherà di richiedere all'Agenzia delle Entrate di formulare, se del caso, tramite apposita circolare i suddetti chiarimenti.
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